Halmahera Selatan ist ein indonesischer Regierungsbezirk (Kabupaten) in der Provinz Maluku Utara. Mitte 2022 lebten hier über eine Viertelmillion Menschen. Labuha, der Regierungssitz von Halmahera Selatan liegt im Westen der Insel Bacan an der Bacanstrasse.